通常の分散分析では，測定値が正規分布あるいは多変量正規分布であることが前提となります。そのような前提をおくことが適切でないと考えられる場合，ノンパラメトリックな検定を使用することも可能です。ただし，一般にノンパラメトリック検定は，パラメトリック検定に比べて第2種の誤り率（実際には差があるのにそれを見過ごしてしまう確率）が高くなる傾向にあります。