19 Nomenclatura das matrizes em AMD
No tocante aos tipos de atributos e seu tratamento pré-análises, uma matriz de dados pode ser dos tipos apresentados na tabela abaixo (Tabela 19.1).
| Nome | Atributos (colunas) |
|---|---|
| Matriz comunitaria | Os atributos são táxons (ex. espécies, gêneros, morfotipos) |
| Matriz ambiental | Os atributos são dados ambientais (ex. pH, condutividade, temperatura) |
| Matriz bruta | Os atributos ainda não receberam nenhum tipo de tratamento estatísco (valores brutos, como coletados) |
| Matriz transposta | Os atributos foram transpostos para as linhas |
| Matriz relativizada | Os atributos foram relativizados por um critério de tamanho ou de variação (ex. dividir os valores de cada coluna pela soma) |
| Matriz transformada | Foi aplicado um operador matemático a todos os atributos (ex. raiz quadrada, log) |
19.1 Grupos taxonômicos
Vários grupos taxonômicos foram amostrados, além de variáveis ambientais, análise de conteúdo estomacal de peixes, estrutura de tamanho dos indivíduos e etc. Isso é estabelecido no nome do arquivo .xlsx fornecido, como apresentado na tabela abaixo (Tabela 19.2). O * se indica o tipo de matriz (Tabela 19.3)
| Nome | Atributos (colunas) |
|---|---|
| ppbio*-peixes.xlsx | Os atributos são táxons de peixes, que podem ter sido medidos em contagem, CPUE, etc. |
| ppbio*-habitat.xlsx | Os atributos são dados ambientais (ex. pH, condutividade, temperatura) |
| ppbio*-bentos | Os atributos são táxons de macrozoobetos (principalmente, insetos aquáticos e moluscos) |
| ppbio*-chiron | Os atributos são táxons da família Chironomidae, na sua fase aquática (larva ou pupa) |
| ppbio*-zoopl | Os atributos são táxons constituintes do zooplâncton (Rotífera, Cladócera e Copépoda) |
| ppbio*-conteudo | Os atributos são ítens alimentares constituintes do conteúdo alimentar de peixes |
Tipos de matrizes
Matrizes disponíveis para análises, com suas descrições e tipos de dados recomendados (Tabela 19.3).
| Arquivo (.xlsx) | Tipo de matriz | Descrição | Tipo de dados |
|---|---|---|---|
| ppbio06c | Matriz comunitária | O arquivo ppbio06 traz os dados brutos que serão usados nas análises. A matriz de dados brutos contendo 26 localidades em estações do ano diferentes (objetos) x 35 espécies (atributos), antes de qualquer modificação. | Contagens de indivíduos com alta amplitude de variação, sugerido uso de matriz relativizada. |
| ppbio06h | Matriz ambiental | O arquivo ppbio06h traz os dados brutos que serão usados nas análises. A matriz de dados brutos contendo 26 localidades em estações diferentes (objetos) x 35 variáveis ambienteis (atributos) medidas em diferentes escalas espaciais, antes de qualquer modificação. | Unidades de medição diferentes (cm, m, °C, mg/L, etc.), com uma alta amplitude de variação, sugerido uso de matriz transformada e/ou reescalada. |
| ppbio06 | Matriz comunitária | O arquivo ppbio06 traz os dados brutos que serão usados nessa análise. A matriz de dados brutos contendo 26 locais/ocasiões (objetos) x 35 espécies (atributos), antes de qualquer modificação. | Contagens de indivíduos com alta amplitude de variação, sugerido uso de matriz relativizada. |
| ppbio06cpue | Matriz comunitária | O arquivo ppbio06cpue traz os valores depois de terem sidos ajustados pela Captura Por Unidade de Esforço (CPUE), onde o número de indivíduos de cada espécie em uma determinada UA é dividido pelo esforço de captura daquela UA. Isso significa que os dados foram relativizados pela CPUE. A matriz de dados brutos contendo 26 localidades em estações do ano diferentes (objetos) x 35 espécies (atributos), antes de qualquer modificação. | Densidades de indivíduos (no. de indivíduos por Unidade de Esforço de Captura) com alta amplitude de variação, sugerido uso de matriz relativizada. |
Abreviações
No interesse de sistematizar o código R das várias matrizes que são comumente usadas em uma AMD, a tabela a seguir (@ref(tab:41tbl-m_2)) resume seus tipos e abreviações.
| Nome | Atributos (colunas) | Abreviação no R |
|---|---|---|
| Matriz comunitaria | Os atributos são táxons ou OTU’s (Unidades Taxonômicas Operacionais) (ex. espécies, gêneros, morfotipos) | m_com |
| Matriz ambiental | Os atributos são dados ambientais e variáveis físicas e químicas (ex. pH, condutividade, temperatura) | m_amb |
| Matriz de habitat | Os atributos são elementos da estrutura do habitat (ex. macróficas, algas, pedras, lama, etc) | m_hab |
| Matriz bruta | Os atributos ainda não receberam nenhum tipo de tratamento estatísco (valores brutos, como coletados) | m_bruta |
| Matriz transposta | Os atributos foram transpostos para as linhas | m_t |
| Matriz relativizada | Os atributos foram relativizados por um critério de tamanho ou de variação (ex. dividir os valores de cada coluna pela soma) | m_rel, m_relcol, m_rellin |
| Matriz transformada | Foi aplicado um operador matemático a todos os atributos (ex. raiz quadrada, log) | m_trns, m_log10, m_asrq |
| Matriz de distâncias | Matriz de m x m similaridades ou de distâncias (ex. Euclidiana, Manhattan, Bray-Curtis, etc) | m_dists, m_euclid, m_bray |
| Matriz de trabalho | Qualquer matriz que seja o foco da análise atual (ex. comunitária, relativizada, etc) | m_trab |
| Matriz particionada | Foram removidas linhas ou colunas (ex. linhas que são outliers e espécies zeradas) | m_part |
| Base de dados | Arquivo do Excel planilhado a partir de dados de campo ou de laboratório. Será manejada e particionada no R, para criar a Matriz bruta | ppbio06.xlsx, zoorebio.xlsx, bentos06.xlsx |