Apresentação

Nomenclatura das matrizes em AMD

No tocante aos tipos de atributos e seu tratamento pré-análises, uma matriz de dados pode ser dos tipos apresentados na tabela abaixo (Tabela 0.1).

Table 0.1: Nomenclatura das matrizes em AMD em relação aos atributos das colunas.
Nome Atributos (colunas)
Matriz comunitaria Os atributos são táxons (ex. espécies, gêneros, morfotipos)
Matriz ambiental Os atributos são dados ambientais (ex. pH, condutividade, temperatura)
Matriz bruta Os atributos ainda não receberam nenhum tipo de tratamento estatísco (valores brutos, como coletados)
Matriz transposta Os atributos foram transpostos para as linhas
Matriz relativizada Os atributos foram relativizados por um critério de tamanho ou de variação (ex. dividir os valores de cada coluna pela soma)
Matriz transformada Foi aplicado um operador matemático a todos os atributos (ex. raiz quadrada, log)

Tipos de matrizes

Matrizes disponíveis para análises, com suas descrições e tipos de dados recomendados (Tabela 0.2).

Table 0.2: Exemplos de matrizes disponíveis para análises (PPBio Semiárido), com suas descrições e tipos de dados recomendados.
Arquivo (.xlsx) Tipo de matriz Descrição Tipo de dados
ppbio06c Matriz comunitária O arquivo ppbio06 traz os dados brutos que serão usados nas análises. A matriz de dados brutos contendo 26 localidades em estações do ano diferentes (objetos) x 35 espécies (atributos), antes de qualquer modificação. Contagens de indivíduos com alta amplitude de variação, sugerido uso de matriz relativizada.
ppbio06h Matriz ambiental O arquivo ppbio06h traz os dados brutos que serão usados nas análises. A matriz de dados brutos contendo 26 localidades em estações diferentes (objetos) x 35 variáveis ambienteis (atributos) medidas em diferentes escalas espaciais, antes de qualquer modificação. Unidades de medição diferentes (cm, m, °C, mg/L, etc.), com uma alta amplitude de variação, sugerido uso de matriz transformada e/ou reescalada.
ppbio06 Matriz comunitária O arquivo ppbio06 traz os dados brutos que serão usados nessa análise. A matriz de dados brutos contendo 26 locais/ocasiões (objetos) x 35 espécies (atributos), antes de qualquer modificação. Contagens de indivíduos com alta amplitude de variação, sugerido uso de matriz relativizada.
ppbio06cpue Matriz comunitária O arquivo ppbio06cpue traz os valores depois de terem sidos ajustados pela Captura Por Unidade de Esforço (CPUE), onde o número de indivíduos de cada espécie em uma determinada UA é dividido pelo esforço de captura daquela UA. Isso significa que os dados foram relativizados pela CPUE. A matriz de dados brutos contendo 26 localidades em estações do ano diferentes (objetos) x 35 espécies (atributos), antes de qualquer modificação. Densidades de indivíduos (no. de indivíduos por Unidade de Esforço de Captura) com alta amplitude de variação, sugerido uso de matriz relativizada.

Abreviações

No interesse de sistematizar o código R das várias matrizes que são comumente usadas em uma AMD, a tabela a seguir (@ref(tab:0tbl-m_2)) resume seus tipos e abreviações.

(#tab:0tbl-m_2)Nomenclatura das matrizes em AMD em relação aos atributos das colunas
Nome Atributos (colunas) Abreviação no R
Matriz comunitaria Os atributos são táxons ou OTU’s (Unidades Taxonômicas Operacionais) (ex. espécies, gêneros, morfotipos) m_com
Matriz ambiental Os atributos são dados ambientais e variáveis físicas e químicas (ex. pH, condutividade, temperatura) m_amb
Matriz de habitat Os atributos são elementos da estrutura do habitat (ex. macróficas, algas, pedras, lama, etc) m_hab
Matriz bruta Os atributos ainda não receberam nenhum tipo de tratamento estatísco (valores brutos, como coletados) m_bruta
Matriz transposta Os atributos foram transpostos para as linhas m_t
Matriz relativizada Os atributos foram relativizados por um critério de tamanho ou de variação (ex. dividir os valores de cada coluna pela soma) m_rel, m_relcol, m_rellin
Matriz transformada Foi aplicado um operador matemático a todos os atributos (ex. raiz quadrada, log) m_trns, m_log10, m_asrq
Matriz de distâncias Matriz de m x m similaridades ou de distâncias (ex. Euclidiana, Manhattan, Bray-Curtis, etc) m_dists, m_euclid, m_bray
Matriz de trabalho Qualquer matriz que seja o foco da análise atual (ex. comunitária, relativizada, etc) m_trab
Matriz particionada Foram removidas linhas ou colunas (ex. linhas que são outliers e espécies zeradas) m_part
Base de dados Arquivo do Excel planilhado a partir de dados de campo ou de laboratório. Será manejada e particionada no R, para criar a Matriz bruta ppbio06.xlsx, zoorebio.xlsx, bentos06.xlsx