8 Informações gerais
8.1 Bases de dados para download
| Arquivo (.xlsx) | Planilha | Tipo | Descrição | URL |
|---|---|---|---|---|
| ppbio06-peixes | Sheet1 | Matriz comunitária bruta | Matriz de dados brutos contendo 26 unidades amostrais (objetos) x 35 espécies (atributos), antes de qualquer modificação. Contagens de indivíduos com alta amplitude de variação. | 1 |
| ppbio06p-peixes | Sheet1 | Matriz comunitária particionada | Matriz de dados particionada contendo 23 unidades amostrais (objetos) x 35 espécies (atributos). Contagens de indivíduos com alta amplitude de variação, sugerido uso de matriz relativizada. | 2 |
| ppbio06cpue-peixes | Sheet1 | Matriz comunitária de densidade | O arquivo ppbio06cpue traz os valores de contagem depois de terem sido ajustados pela Captura Por Unidade de Esforço (CPUE), onde o número de indivíduos de cada espécie em uma determinada UA é dividido pelo esforço de captura daquela UA. Isso significa que os dados foram relativizados pela CPUE. Matriz de dados brutos contendo 23 unidadades amostrais (objetos) x 35 espécies (atributos). | 3 |
| ppbio06-peixes.ods | Sheet1 | Matriz comunitária bruta | Matriz de dados brutos no formato .ODS, contendo 26 unidades amostrais (objetos) x 35 espécies (atributos), antes de qualquer modificação. Contagens de indivíduos com alta amplitude de variação. | 4 |
| ppbio06p-habitat | ano1 | Matriz ambiental particionada | Matriz de dados brutos contendo 23 unidades amostrais (objetos) x 30 variáveis ambientais (atributos) medidas em diferentes escalas espaciais, antes de qualquer modificação. Unidades de medição diferentes (cm, m, °C, mg/L, etc.), com uma alta amplitude de variação, sugerido uso de matriz transformada e/ou reescalada. | 5 |
| ppbio06p-bentos | contagem | Matriz comunitária particionada | A planilha “contagem” traz dados brutos contendo 22 ocasiões de amostragens (objetos) x 35 táxons de macroinvertebrados bentônicos (atributos). Contagens de indivíduos com alta amplitude de variação. | 6 |
| ppbio06p-bentos | densidade | Matriz comunitária de densidade | Matriz de dados brutos contendo 22 ocasiões de amostragens (objetos) x 35 táxons de macroinvertebrados bentônicos (atributos). A planilha “densidade” traz o número de indivíduos de cada espécie em uma determinada UA depois de terem sido relativizados pela área amostrada. | 7 |
| ppbio06-grupos | peixesp | Matriz de grupos | O arquivo traz na planilha “peixesp” os agrupamentos propostos a priori para a comunidade de peixes de acordo com o desenho amostral. | 8 |
| ppbio06-grupos | bentosp | Matriz de grupos | O arquivo traz na planilha “bentosp” os agrupamentos propostos a priori para a fauna de macrobentos de acordo com o desenho amostral. | 9 |
8.2 Nomenclatura das matrizes em AMD
No tocante aos tipos de atributos e seu tratamento pré-análises, uma matriz de dados pode ser dos tipos apresentados na tabela abaixo (Tabela 8.2).
| Nome | Atributos (colunas) |
|---|---|
| Matriz comunitaria | Os atributos são táxons (ex. espécies, gêneros, morfotipos) |
| Matriz ambiental | Os atributos são dados ambientais (ex. pH, condutividade, temperatura) |
| Matriz bruta | Os atributos ainda não receberam nenhum tipo de tratamento estatísco (valores brutos, como coletados) |
| Matriz transposta | Os atributos foram transpostos para as linhas |
| Matriz relativizada | Os atributos foram relativizados por um critério de tamanho ou de variação (ex. dividir os valores de cada coluna pela soma) |
| Matriz transformada | Foi aplicado um operador matemático a todos os atributos (ex. raiz quadrada, log) |
8.3 Grupos taxonômicos
Vários grupos taxonômicos foram amostrados, além de variáveis ambientais, análise de conteúdo estomacal de peixes, estrutura de tamanho dos indivíduos e etc. Isso é estabelecido no nome do arquivo .xlsx fornecido, como apresentado na tabela abaixo (Tabela 8.3). O * se indica o tipo de matriz (Tabela 8.4)
| Nome | Atributos (colunas) |
|---|---|
| ppbio*-peixes.xlsx | Os atributos são táxons de peixes, que podem ter sido medidos em contagem, CPUE, etc. |
| ppbio*-habitat.xlsx | Os atributos são dados ambientais (ex. pH, condutividade, temperatura) |
| ppbio*-bentos | Os atributos são táxons de macrozoobetos (principalmente, insetos aquáticos e moluscos) |
| ppbio*-chiron | Os atributos são táxons da família Chironomidae, na sua fase aquática (larva ou pupa) |
| ppbio*-zoopl | Os atributos são táxons constituintes do zooplâncton (Rotífera, Cladócera e Copépoda) |
| ppbio*-conteudo | Os atributos são ítens alimentares constituintes do conteúdo alimentar de peixes |
Tipos de matrizes
Matrizes disponíveis para análises, com suas descrições e tipos de dados recomendados (Tabela 8.4).
| Arquivo (.xlsx) | Tipo de matriz | Descrição | Tipo de dados |
|---|---|---|---|
| ppbio06c | Matriz comunitária | O arquivo ppbio06 traz os dados brutos que serão usados nas análises. A matriz de dados brutos contendo 26 localidades em estações do ano diferentes (objetos) x 35 espécies (atributos), antes de qualquer modificação. | Contagens de indivíduos com alta amplitude de variação, sugerido uso de matriz relativizada. |
| ppbio06h | Matriz ambiental | O arquivo ppbio06h traz os dados brutos que serão usados nas análises. A matriz de dados brutos contendo 26 localidades em estações diferentes (objetos) x 35 variáveis ambienteis (atributos) medidas em diferentes escalas espaciais, antes de qualquer modificação. | Unidades de medição diferentes (cm, m, °C, mg/L, etc.), com uma alta amplitude de variação, sugerido uso de matriz transformada e/ou reescalada. |
| ppbio06 | Matriz comunitária | O arquivo ppbio06 traz os dados brutos que serão usados nessa análise. A matriz de dados brutos contendo 26 locais/ocasiões (objetos) x 35 espécies (atributos), antes de qualquer modificação. | Contagens de indivíduos com alta amplitude de variação, sugerido uso de matriz relativizada. |
| ppbio06cpue | Matriz comunitária | O arquivo ppbio06cpue traz os valores depois de terem sidos ajustados pela Captura Por Unidade de Esforço (CPUE), onde o número de indivíduos de cada espécie em uma determinada UA é dividido pelo esforço de captura daquela UA. Isso significa que os dados foram relativizados pela CPUE. A matriz de dados brutos contendo 26 localidades em estações do ano diferentes (objetos) x 35 espécies (atributos), antes de qualquer modificação. | Densidades de indivíduos (no. de indivíduos por Unidade de Esforço de Captura) com alta amplitude de variação, sugerido uso de matriz relativizada. |
Abreviações
No interesse de sistematizar o código R das várias matrizes que são comumente usadas em uma AMD, a tabela a seguir (@ref(tab:401tbl-m_2)) resume seus tipos e abreviações.
| Nome | Atributos (colunas) | Abreviação no R |
|---|---|---|
| Matriz comunitaria | Os atributos são táxons ou OTU’s (Unidades Taxonômicas Operacionais) (ex. espécies, gêneros, morfotipos) | m_com |
| Matriz ambiental | Os atributos são dados ambientais e variáveis físicas e químicas (ex. pH, condutividade, temperatura) | m_amb |
| Matriz de habitat | Os atributos são elementos da estrutura do habitat (ex. macróficas, algas, pedras, lama, etc) | m_hab |
| Matriz bruta | Os atributos ainda não receberam nenhum tipo de tratamento estatísco (valores brutos, como coletados) | m_bruta |
| Matriz transposta | Os atributos foram transpostos para as linhas | m_t |
| Matriz relativizada | Os atributos foram relativizados por um critério de tamanho ou de variação (ex. dividir os valores de cada coluna pela soma) | m_rel, m_relcol, m_rellin |
| Matriz transformada | Foi aplicado um operador matemático a todos os atributos (ex. raiz quadrada, log) | m_trns, m_log10, m_asrq |
| Matriz de distâncias | Matriz de m x m similaridades ou de distâncias (ex. Euclidiana, Manhattan, Bray-Curtis, etc) | m_dists, m_euclid, m_bray |
| Matriz de trabalho | Qualquer matriz que seja o foco da análise atual (ex. comunitária, relativizada, etc) | m_trab |
| Matriz particionada | Foram removidas linhas ou colunas (ex. linhas que são outliers e espécies zeradas) | m_part |
| Base de dados | Arquivo do Excel planilhado a partir de dados de campo ou de laboratório. Será manejada e particionada no R, para criar a Matriz bruta | ppbio06.xlsx, zoorebio.xlsx, bentos06.xlsx |