1 中文图书Bookdown模板的基本用法
1.1 安装设置
使用RStudio软件完成编辑和转换功能。 在RStudio中，安装bookdown等必要的扩展包。
本模板在安装之前是一个打包的zip文件，
在适当位置解压（例如，在C:/myproj下），
得到MathJax, Books/Cbook, Books/Carticle等子目录。
本模板在Books/Cbook中。
为了利用模板制作自己的中文书，
将Books/Cbook制作一个副本，
改成适当的子目录名，如Books/Mybook。
打开RStudio软件，
选选单“File - New Project - Existing Directory”，
选中Books/Mybook子目录，确定。
这样生成一本书对应的R project（项目）。
为了将模板内容替换成自己的内容，
可以删除文件0101-usage.Rmd，
然后将1001-chapter01.Rmd制作几份副本，
如1001-chapter01.Rmd, 2012-chapter02.Rmd，
3012-chapter03.Rmd。
各章的次序将按照前面的数值的次序排列。
将每个.Rmd文件内的{#chapter01}, {#chapter02-sec01}修改能够反映章节内容的标签文本。
所有的标签都不允许重复。
参见本模板中的0101-usage.Rmd文件。
后面的§1.3.1 和§1.3.2 给出了将当前的书转换为网页和PDF的命令， 复制粘贴这些命令到RStudio命令行可以进行转换。
1.2 编写自己的内容
1.2.1 文档结构
除了index.Rmd以外，
每个.Rmd文件是书的一章。
每章的第一行是用一个井号（#）引入的章标题。
节标题用两个井号开始，
小节标题用三个井号开始。
标题后面都有大括号内以井号开头的标签，
标签仅用英文大小写字母和减号。
1.2.2 图形自动编号
用R代码段生成的图形，
只要具有代码段标签，
且提供代码段选项fig.cap="图形的说明文字"，
就可以对图形自动编号，
并且可以用如\@ref(fig:label)的格式引用图形。
如：
plot(1:10, main="程序生成的测试图形")
图1.1: 图形说明文字
引用如：参见图1.1。
引用中的fig:是必须的。
在通过LaTeX转换的PDF结果中， 这样图形是浮动的。
1.2.3 表格自动编号
用R代码knitr::kable()生成的表格，
只要具有代码段标签，
并且在knitr::kable()调用时加选项caption="表格的说明文字"，
就可以对表格自动编号，
并且可以用如\@ref(tab:label)的格式引用表格。
如：
d <- data.frame("自变量"=1:10, "因变量"=(1:10)^2)
knitr::kable(d, caption="表格说明文字")| 自变量 | 因变量 |
|---|---|
| 1 | 1 |
| 2 | 4 |
| 3 | 9 |
| 4 | 16 |
| 5 | 25 |
| 6 | 36 |
| 7 | 49 |
| 8 | 64 |
| 9 | 81 |
| 10 | 100 |
引用如：参见表1.1。
引用中的tab:是必须的。
在通过LaTeX转换的PDF结果中， 这样的表格是浮动的。
1.2.4 数学公式编号
不需要编号的公式，
仍可以按照一般的Rmd文件中公式的做法。
需要编号的公式，
直接写在\begin{align}和\end{align}之间，
不需要编号的行在末尾用\nonumber标注。
需要编号的行用(\#eq:mylabel)添加自定义标签，
如
\[\begin{align} \Sigma =& (\sigma_{ij})_{n\times n} \nonumber \\ =& E[(\boldsymbol{X} - \boldsymbol{\mu}) (\boldsymbol{X} - \boldsymbol{\mu})^T ] \tag{1.1} \end{align}\]
引用如：协方差定义见(1.1)。
1.2.5 文献引用与文献列表
将所有文献用bib格式保存为一个.bib文献库，
如模板中的样例文件mybib.bib。
可以用JabRef软件来管理这样的文献库，
许多其它软件都可以输出这样格式的文件库。
为了引用某一本书， 用如：参见(Wichmann and Hill 1982)。
被引用的文献将出现在一章末尾以及全书的末尾， 对PDF输出则仅出现在全书末尾。
1.3 转换
1.3.1 转换为网页
用如下命令将整本书转换成一个每章为一个页面的网站， 称为gitbook格式：
bookdown::render_book("index.Rmd",
output_format="bookdown::gitbook", encoding="UTF-8")为查看结果，
在_book子目录中双击其中的index.html文件，
就可以在网络浏览器中查看转换的结果。
重新编译后应该点击“刷新”图标。
在章节和内容较多时， 通常不希望每次小修改之后重新编译整本书， 这时类似如下的命令可以仅编译一章， 可以节省时间， 缺点是导航目录会变得不准确。 命令如：
bookdown::preview_chapter("1001-chapter01.Rmd",
output_format="bookdown::gitbook", encoding="UTF-8")单章的网页可以通过网络浏览器中的“打印”功能， 选择一个打印到PDF的打印机， 可以将单章转换成PDF格式。
1.3.2 生成PDF
如果想将R Markdown文件借助于LaTeX格式转换为PDF， 需要在系统中安装一个TeX编译器。 现在的rmarkdown包要求使用tinytex扩展包以及配套的TinyTeX软件包， 好像不再支持使用本机原有的LaTex编译系统， 如果不安装tinytex，编译为PDF格式时会出错。 TinyTeX优点是直接用R命令就可以安装， 更新也由R自动进行，不需要用户干预。 但是，安装时需要从国外网站下载许多文件， 有因为网络不畅通而安装失败的危险。
为了安装R的tinytex扩展包和单独的TinyTeX编译软件，应运行：
install.packages('tinytex')
tinytex::install_tinytex()安装过程需要从国外的服务器下载许多文件，
在国内的网络环境下有可能因为网络超时而失败。
如果安装成功，
TinyTeX软件包在MS Windows系统中一般会安装在 C:\Users\用户名\AppData\Roaming\MikTex目录中，
其中“用户名”应替换成系统当前用户名。
如果需要删除TinyTeX软件包， 只要直接删除那个子目录就可以。
为了判断TinyTeX是否安装成功， 在RStudio中运行
tinytex::is_tinytex()结果应为TRUE, 出错或者结果为FALSE都说明安装不成功。
在编译pdf_book时，可能会需要联网下载LaTeX所需的格式文件。
Bookdown借助操作系统中安装的LaTeX编译软件TinyTeX将整本书转换成一个PDF文件，
这需要用户对LaTeX有一定的了解，
否则一旦出错，
就完全不知道如何解决。
用户如果需要进行LaTeX定制，
可修改模板中的preamble.tex文件。
转换为PDF的命令如下：
bookdown::render_book("index.Rmd",
output_format="bookdown::pdf_book", encoding="UTF-8")在_book子目录中找到CBook.pdf文件，
这是转换的结果。
CBook.tex是作为中间结果的LaTeX文件，
如果出错可以从这里查找错误原因。
转换PDF对于内容多的书比较耗时，
不要过于频繁地转换PDF，
在修改书的内容时，
多用bookdown::preview_chapter和转换为gitbook的办法检验结果。
定期地进行转换PDF的测试。
每增加一章后都应该试着转换成PDF看有没有错误。
1.3.3 上传到网站
如果书里面没有数学公式，
则上传到网站就只要将_book子目录整个地用ftp软件传送到自己的网站主目录下的某个子目录即可。
但是，为了支持数学公式，就需要进行如下的目录结构设置：
- 设自己的网站服务器目录为
/home/abc， 将MathJax目录上传到这个目录中。 - 在
/home/abc中建立新目录Books/Mybook。 - 将
_book子目录上传到/home/abc/Books/Mybook中。 - 这时网站链接可能类似于
http://dept.univ.edu.cn/~abc/Books/Mybook/_book/index.html, 具体链接地址依赖于服务器名称与主页所在的主目录名称。
如果有多本书，
MathJax仅需要上传一次。
因为MathJax有三万多个文件，
所以上传MathJax会花费很长时间。