2 Introduction

## Warning: package 'kableExtra' was built under R version 3.5.2
## R version 3.5.1 (2018-07-02)
## Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
## Running under: macOS  10.15.1
## 
## Matrix products: default
## BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRblas.0.dylib
## LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRlapack.dylib
## 
## locale:
## [1] fr_FR.UTF-8/fr_FR.UTF-8/fr_FR.UTF-8/C/fr_FR.UTF-8/fr_FR.UTF-8
## 
## attached base packages:
## [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
## 
## other attached packages:
## [1] kableExtra_1.1.0 magick_2.2      
## 
## loaded via a namespace (and not attached):
##  [1] Rcpp_1.0.2        pillar_1.4.2      compiler_3.5.1   
##  [4] tools_3.5.1       zeallot_0.1.0     digest_0.6.21    
##  [7] jsonlite_1.6      evaluate_0.14     tibble_2.1.3     
## [10] lifecycle_0.1.0   gtable_0.3.0      viridisLite_0.3.0
## [13] png_0.1-7         pkgconfig_2.0.3   rlang_0.4.0      
## [16] rstudioapi_0.10   yaml_2.2.0        xfun_0.9         
## [19] xml2_1.2.2.9000   stringr_1.4.0     dplyr_0.8.3      
## [22] httr_1.4.1        knitr_1.24        hms_0.5.1        
## [25] vctrs_0.2.0       htmlwidgets_1.5.1 webshot_0.5.1    
## [28] grid_3.5.1        tidyselect_0.2.5  glue_1.3.1       
## [31] data.table_1.12.2 R6_2.4.0          plotly_4.9.0     
## [34] bookdown_0.13     rmarkdown_1.15    readr_1.3.1      
## [37] tidyr_1.0.0       ggplot2_3.2.1     purrr_0.3.3      
## [40] magrittr_1.5      scales_1.0.0      backports_1.1.5  
## [43] htmltools_0.4.0   rvest_0.3.4       assertthat_0.2.1 
## [46] colorspace_1.4-1  stringi_1.4.3     lazyeval_0.2.2   
## [49] munsell_0.5.0     crayon_1.3.4

2.2 Aide

Obtenir la liste de toutes les commandes qui contiennent le mot “test”.
On ajoute la fonction head() pour ne voir que les 10 premiers lignes

##  [1] ".valueClassTest" "ansari.test"     "bartlett.test"  
##  [4] "binom.test"      "Box.test"        "chisq.test"     
##  [7] "cor.test"        "file_test"       "fisher.test"    
## [10] "fligner.test"

Aide des arguments sur les commandes et fonctions

## function (file, header = TRUE, sep = ",", quote = "\"", dec = ".", 
##     fill = TRUE, comment.char = "", ...) 
## NULL

Information sur un package

Ou encore, on ajoute la fonction tail() pour ne voir que les 20 dernières lignes

##  [1] "tbl_sum"             "tbl_vars"            "tibble"             
##  [4] "top_frac"            "top_n"               "transmute"          
##  [7] "transmute_"          "transmute_all"       "transmute_at"       
## [10] "transmute_if"        "tribble"             "trunc_mat"          
## [13] "type_sum"            "ungroup"             "union"              
## [16] "union_all"           "validate_grouped_df" "vars"               
## [19] "with_order"          "wrap_dbplyr_obj"

2.3 Installation et chargement de package

## Warning: package 'ggplot2' was built under R version 3.5.2

Vérifier l’existance d’un package avant de l’installer.
La fonction require() contrairement à la fonction library() envoie une valeur booléenne

Pour obtenir la liste des packages chargés sur la session courante

##  [1] "ggplot2"    "dplyr"      "kableExtra" "magick"     "stats"     
##  [6] "graphics"   "grDevices"  "utils"      "datasets"   "methods"   
## [11] "base"
##  [1] ".GlobalEnv"         "package:ggplot2"    "package:dplyr"     
##  [4] "package:kableExtra" "package:magick"     "package:stats"     
##  [7] "package:graphics"   "package:grDevices"  "package:utils"     
## [10] "package:datasets"   "package:methods"    "Autoloads"         
## [13] "package:base"

Vérifier si les packages sont à jour

Mettre à jour les packages

Voir tous les data set de tous les packages

Voir les data set d’un package

2.4 Données

2.4.1 Données manquantes

Les données manquantes NA (not available) sont considérées comme étant de type logical par R.

## [1] "logical"
## [1] TRUE

2.5 Les vecteurs

## [1] 1 2 3

Il est possible d’attribuer un nom aux éléments d’un vecteur, soit lors de la création, soit à posteriori, en utilisant la fonction names().

##       nom    prenom     annee 
## "Diamban"  "Lamine"    "1900"
## [1] "Sow"    "Diallo" "1920"
##      nom   prenom    annee 
##    "Sow" "Diallo"   "1920"

2.5.1 Opération sur les vecteurs

## [1] 5 7 9
##  [1]  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12
##  [1]  4  8  8 12 12 11 11 15 15 19

2.6 Matrices

##      [,1] [,2]
## [1,]    1    4
## [2,]    2    5
## [3,]    3    6
##      [,1] [,2]
## [1,]    1    2
## [2,]    3    4
## [3,]    5    6

2.7 Data frame

Création d’une data frame

nom age sexe reside
Diamban.1 46 F Dakar
Diamban.2 31 F Paris
Diamban.3 25 M Dakar
Diamban.4 41 F Dakar
Diamban.5 22 M Dakar
Diamban.6 32 F Dakar
Diamban.7 34 F Dakar
Diamban.8 36 F Dakar
Diamban.9 45 F Paris
Diamban.10 49 F Dakar

Caractéristiques

## [1] 10  4
## [1] 10
## [1] 4
##  [1] "1"  "2"  "3"  "4"  "5"  "6"  "7"  "8"  "9"  "10"
## [1] "nom"    "age"    "sexe"   "reside"
## [1] "nom"    "age"    "sexe"   "reside"

Extraction d’éléments ou d’un ensemble d’éléments

age
A 46
B 31
C 25
D 41
E 22
F 32
G 34
H 36
I 45
J 49
age
A 46
B 31
C 25
D 41
E 22
F 32
G 34
H 36
I 45
J 49
##  [1] 46 31 25 41 22 32 34 36 45 49
nom sexe reside
A Diamban.1 F Dakar
B Diamban.2 F Paris
C Diamban.3 M Dakar
D Diamban.4 F Dakar
E Diamban.5 M Dakar
F Diamban.6 F Dakar
G Diamban.7 F Dakar
H Diamban.8 F Dakar
I Diamban.9 F Paris
J Diamban.10 F Dakar
age sexe reside
A 46 F Dakar
B 31 F Paris
C 25 M Dakar
D 41 F Dakar
E 22 M Dakar
F 32 F Dakar
G 34 F Dakar
H 36 F Dakar
I 45 F Paris
J 49 F Dakar
##          nom age sexe reside
## A  Diamban.1  46    F  Dakar
## D  Diamban.4  41    F  Dakar
## I  Diamban.9  45    F  Paris
## J Diamban.10  49    F  Dakar
##          nom age sexe reside
## A  Diamban.1  46    F  Dakar
## D  Diamban.4  41    F  Dakar
## I  Diamban.9  45    F  Paris
## J Diamban.10  49    F  Dakar

Ajout d’une nouvelle colonne

nom age sexe reside enfant
A Diamban.1 46 F Dakar 3
B Diamban.2 31 F Paris 1
C Diamban.3 25 M Dakar 3
D Diamban.4 41 F Dakar 2
E Diamban.5 22 M Dakar 3
F Diamban.6 32 F Dakar 0
G Diamban.7 34 F Dakar 2
H Diamban.8 36 F Dakar 3
I Diamban.9 45 F Paris 3
J Diamban.10 49 F Dakar 1

Supression d’une colonne

nom age sexe enfant
A Diamban.1 46 F 3
B Diamban.2 31 F 1
C Diamban.3 25 M 3
D Diamban.4 41 F 2
E Diamban.5 22 M 3
F Diamban.6 32 F 0
G Diamban.7 34 F 2
H Diamban.8 36 F 3
I Diamban.9 45 F 3
J Diamban.10 49 F 1

Suppression de lignes

nom age sexe enfant
A Diamban.1 46 F 3
B Diamban.2 31 F 1
C Diamban.3 25 M 3
D Diamban.4 41 F 2
E Diamban.5 22 M 3
F Diamban.6 32 F 0
G Diamban.7 34 F 2
H Diamban.8 36 F 3
I Diamban.9 45 F 3

rbind() pour fusionner deux data frame / objets dans le sens des lignes.
cbind() pour fusionner deux data frame / objets dans le sens des colonnes.
merge() fonctionne comme cbind mais se base sur la variable dont le nom est commun aux deux data frame.