3.3 Packages – Extensions

L’installation par défaut du logiciel R contient le cœur du programme ainsi qu’un ensemble de fonctions de base.

R étant un logiciel libre, il bénéficie d’une forte communauté d’utilisateurs pouvant librement contribuer au développement du logiciel en lui ajoutant des fonctionnalités supplémentaires. Ces contributions prennent la forme d’extensions (packages) pouvant être installées par l’utilisateur et fournissant alors diverses fonctions supplémentaires.

Avant tout, sachez que, par défaut, R vient charger avec un certain nombre de packages. Pour les connaître, taper la commande suivante.

[1] "datasets"  "utils"     "grDevices" "graphics"  "stats"     "methods"  

Installer et charger un package

Pour installer un nouveau package (à partir du CRAN, le(s) serveur officiel de R), il suffit de s’assurer d’être connecté à internet et puis utiliser le menu Package dans le quadrant bas-droite de Rstudio.

Cliquer sur Install et indiquer le nom de l’extension dans le champ Package.

Vous pouvez aussi taper la commande

nom.package est le nom du package à instlaller.

R va alors télécharger l’ensemble des fichiers nécessaires sur le disque dur de votre ordinateur (taper la commande .libPaths( ) pour aficher le(s) dossier(s) d’installation).

Taper la commande suivante pour installer le package ggplot2:

ggplot permet la production de graphiques très élaborés en peu de temps.

Vous pouvez avoir de l’aide sur un package avec help(package = nom.package) et/ou package?nom.package. Exemple:

Une fois l’extension installée, elle peut être chargée (appelée) en cochant son nom dans la liste de packages disponibles (voir rubrique Packages dans le quadrant bas-droite de Rstudio)

ou avec la commande library(nom.package) ou require(nom.package), où “nom.package” est le nom du package à charger.

Exemple: taper la commande suivante

Une fois l’extension chargée, on peut utiliser les fonctions de l’extension, consulter leur page d’aide en ligne, accéder aux jeux de données qu’elle contient, etc. durant la session en cours.

Il est important de bien comprendre la différence entre install.packages et library:

  • La première va chercher les extensions sur internet et les installe en local sur le disque dur de l’ordinateur. On n’a besoin d’effectuer cette opération qu’une seule fois.

  • La seconde lit les informations de l’extension sur le disque dur et les met à disposition de R. On a besoin de l’exécuter à chaque début de session.

Pour continuer, installer maintenant le package tidyverse.

tidyverse est une contraction de tidy (qu’on pourrait traduire par “bien rangé”) et de universe. Il s’agit d’une collection d’extensions conçues pour travailler ensemble et basées sur une philosophie commune.

La commande install.packages("tidyverse") va en fait installer plusieurs extensions qui constituent le “coeur” du tidyverse, à savoir :

  • ggplot2 (visualisation)
  • dplyr (manipulation des données)
  • tidyr (remise en forme des données)
  • purrr (programmation)
  • readr (importation de données)
  • tibble (tableaux de données)
  • forcats (variables qualitatives)
  • stringr (chaînes de caractères)

Pour savoir plus, voir tidyverse

Pour la suite, le package tidyverse doit être installé sur votre machine. Aussi assurez-vous de le charger.