3.2 Les scripts

Jusqu’à maintenant nous avons utilisé uniquement la console pour communiquer avec R via l’invite de commandes.

Le principal problème de ce mode d’interaction est qu’une fois qu’une commande est tapée, elle est pour ainsi dire « perdue », c’est-à-dire qu’on doit la saisir à nouveau si on veut l’exécuter une seconde fois.

L’utilisation de la console est donc restreinte aux petites commandes « jetables », le plus souvent utilisées comme test.

La plupart du temps, les commandes seront stockées dans un fichier à part, que l’on pourra facilement ouvrir, éditer et exécuter entièrement ou en partie si besoin. On appelle en général ce type de fichier un script.

Manipuler un script

  • Pour exécuter une ou plusieurs lignes de code, sélectionnez les lignes en question puis cliquez sur l’icône Run.

  • Pour exécuter tout le contenu d’un script, cliquez sur l’icône Source.

  • Pour sauvegarder votre script, faire : File > Save. Et vous choisissez un nom (par exemple code.R) et un emplacement pour votre fichier.

  • Vous pouvez ouvrir un script existant à l’aide du menu Rstudio: File > Open File

  • Vous pouvez aussi modifier, supprimer ou partager votre fichier librement!

Au sein d’un même projet, on peut avoir plusieurs scripts R (File > New file > R Script). Cela permet de mieux organiser son code.

Il est possible d’appeler un script, sans l’ouvrir, à l’aide de la fonction source à laquelle on précisera le nom et le chemin complet du fichier du script en question

Si le fichier “code.R” se trouve dans le répertoire “LMAT1152” du disque (partition) “D”.

Noter qu’en R, pour indiquer les chemins d’accès à un fichier il faut toujours utiliser / (forward Slash) ou \\ et non pas \ (backslash).

Si le fichier “code.R” est dans votre répertoire de travail (voir la section suivante), alors il suffit d’écrire

Vous pouvez aussi “sourcer” un fichier à l’aide du menu Rstudio: Code > Source File

Le répertoire de travail

R a parfois besoin de lire ou d’écrire dans des fichiers externes. Il le fait par exemple :

  • lors de l’importation de données provenant d’un fichier externe;
  • lors de l’enregistrement ou l’appel d’un script.

R se définit un emplacement par défaut pour ces fichiers. Cet emplacement porte le nom de working directory.

Lorsqu’aucun emplacement (chemin) n’est spécifié lors d’une communication entre R et un fichier externe, R considérera par défaut que le fichier se trouve dans le répertoire courant.

Pour connaître le répertoire de travail actuel, on utilise la fonction getwd :

Remarquez que cette fonction n’a pas de paramètres obligatoires.

  • Sous RStudio, le nom de votre répertoire de travail est affiché dans le quadrant inférieur gauche, en gris, à la droite du mot Console.

  • Le contenu de votre répertoire de travail est également affiché dans le quadrant inférieur droite, sous la rubrique “Files”.

  • Le répertoire de travail peut être modifié avec la fonction setwd ou via le menu Session > Set Working Directory.